A Fundação de Apoio à Pesquisa Científica e Tecnológica da Universidade Federal Rural do Rio de Janeiro – FAPUR foi instituída pelo Conselho Superior da Universidade Federal Rural do Rio de Janeiro, por decisão tomada em 03 de julho de 1996, Deliberação nº. 17 e processo nº. 18.120/96/MP da Provedoria de Fundações da Procuradoria Geral da Justiça do Estado do Rio de Janeiro, com personalidade jurídica de direito privado, sem fins lucrativos, com autonomia patrimonial, administrativa e financeira. A escritura pública de instituição, dotação e de estatutos da FAPUR data de 1 de novembro de 1996 (16º Ofício de Notas do Rio de Janeiro) sendo outorgante instituidor a UFRRJ, representada pelo seu Reitor. A Instalação e posse dos integrantes dos primeiros Conselhos Superior e Técnico da FAPUR ocorreu em reunião presidida pelo Reitor, realizada em 29 de novembro de 1996, que elegeu a primeira Diretoria executiva e o Conselho Fiscal.
Desde a sua criação, há 24 anos, a FAPUR veio, ao longo de nove gestões, progressivamente se consolidando na UFRRJ, expandindo suas atividades, apoiando projetos de pesquisa de professores e pesquisadores da UFRRJ, intermediando o estabelecimento de convênios entre a UFRRJ – sua instituidora – e órgãos de fomento, prestando ainda serviços à comunidade, atendendo assim a sua finalidade máxima de dar apoio a projetos de pesquisa, ensino, extensão e de desenvolvimento institucional da UFRRJ.